Un holobionte (du grec holo, « tout », et bios, « vie ») est un ensemble composé par un organisme hôte animal ou végétal et les micro-organismes qu’il héberge. Tout animal ou végétal est donc un holobionte.

L’holobionte constitue un écosystème complexe qui façonne à la fois l’hôte et ses micro-organismes. Ces micro-organismes (bactéries, champignons, virus, etc…) jouent un rôle essentiel dans la biologie de leur hôte animal ou végétal.

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